Ketersediaan batuan zeolit di Daerah Istimewa Yogyakarta sangat melimpah dan tersebar di wilayah Kabupaten Gunungkidul, sekitar perbukitan Batur Agung, meliputi Kecamatan Gedangsari (Desa Hargomulyo, Watugajah, Mertelu, dan Tegalrejo) dan Kecamatan Ngawen (Desa Tancep). Jumlah cadangan mineral zeolit untuk seluruh wilayah Gunungkidul tercatat sekitar 55.000.000 m3.

Penggunaan zeolit dapat meningkatkan efisiensi pemupukan, kualitas lahan dan peningkatan kualitas produk. Penggunaan mineral zeolit di lahan pasir lereng Merapi dapat meningkatkan jumlah unsur K, Ca, Mg, Na, meningkatkan KTK tanah, dan serapan hara P pada tanaman sayuran. Aplikasi zeolit dilakukan dengan cara batuan tersebut ditumbuk dahulu sampai halus dan lolos ayakan berdiameter 2 mm. Selanjutkan, hasil ayakan dikeringkan di bawah sinar matahari. Butiran zeolit ditebarkan di lahan pasir secara merata bersamaan dengan pupuk dasar, selanjutnya ditutupi tanah kembali. Pemberiannya cukup dilakukan sekali saja per musim tanam. Takaran zeolit untuk tanaman sayuran adalah sebagai berikut. Mentimun dan semangka 1000 kg/ha/musim; bawang merah, bawang putih, bawang daun, wortel, cabai 850 kg/ha/musim; kubis, petsai, selada 750 kg/ha/ musim; kacang panjang, kacang kapri, buncis 600 kg/ha, ditambah pupuk organik (pupuk kandang) sebanyak 3 ton/ha/musim atau 300 kg/1000 m2 setelah pengolahan tanah. Tahap berikutnya dilakukan sesuai dengan prosedur budidaya tanaman sayuran pada umumnya dengan pemeliharaan dan penambahan pupuk anorganik susulan N dan K sesuai dengan rekomendasi pemupukan tiap-tiap komoditas sayuran.

Aplikasi mineral zeolit di tanah berpasir lereng Merapi, Kabupaten Sleman pada tahun 2011 menunjukkan adanya peningkatan serapan unsur fosfat sebesar 24,5%, KTK tanah sebesar 28,7%, dan kadar alkali tanah sekitar 31,9%. Hal ini mampu meningkatkan produksi cabe dari 4,15 t/ha menjadi 5,84 t/ha/musim dan sayuran buncis dari 15,3 t/ha menjadi 20,4 t/ha/ musim.